Le club est surnommé le cyclone. Il existe deux versions à ce surnom. La plus répandue veut qu’il fut créé par le journaliste Hugo Marini en 1932. Alors que les réseaux sociaux et télévision n’existaient pas et que la radio en était encore à ses premiers balbutiements, la presse écrite disposait d’un immense pouvoir pour accompagner l’explosion de la popularité du football en Argentine. Par ses chroniques drôles et hyperboliques, Hugo Marini, journaliste à « Crítica », en fut l’un des plus importants représentants et surtout inventa et immortalisa un grand nombre d’expressions populaires et surnoms pour le ballon rond. Il est à l’origine de « douzième homme » et des surnoms entre autre “Millonarios” pour River, “Los Gauchos de Boedo” pour San Lorenzo et “El Fortín” pour Velez. A l’origine de la création du championnat professionnel au début des années 1930, San Lorenzo en était l’un des principaux protagonistes et produisait un superbe football offensif, basé sur le mouvement et la vitesse. Pour souligner ce style de jeu et les nombreuses raclées affligées par San Lorenzo à ses adversaires, Marini utilisa le terme ciclón.

L’autre version s’attache au principal rival du CA San Lorenzo, le CA Huracán. Les deux clubs sont les représentants des quartiers sud du centre ville de Buenos Aires. Issu en 1908 de la réunion d’une association de jeunes du quartier voisin de Nueva Pompeya et d’étudiants du Colegio San Martín, du Parque Patricios, Huracán s’établit dans ce dernier quartier pour en devenir aujourd’hui le symbole sportif. Légèrement au Nord du Parque Patricio, la même année (1908), sous l’impulsion d’un prêtre, des jeunes des quartiers limitrophes de Caballito et Almagro fondèrent le CA San Lorenzo. Almagro accueillit leur stade El Gasómetro jusqu’en 1979 et aujourd’hui, de nombreuses installations et bureaux du club s’y situent toujours. Cette rivalité géographique donne lieu au célèbre derby du clásico porteño et les deux clubs et leurs supporteurs construisirent leurs identités aussi au travers de cet affrontement. Résultat, les supporteurs de San Lorenzo baptisèrent leur club « cyclone » pour embêter et surclasser leur rivaux d’Huracan, qui signifie ouragan. Dans leur imaginaire, un cyclone était plus violent qu’un ouragan. Pourtant, d’après les météorologues, un typhon, un cyclone et un ouragan correspondent à seule et même réalité météorologique : un phénomène tourbillonnaire des régions tropicales accompagné de vents violent. Simplement, en fonction de leur emplacement géographique, le phénomène prend un nom différent.